Sanitarios autónomos: particularidades fiscales

Consulta, guardias, peritajes y formación conviven en la misma facturación. El detalle que más cambia tu resultado no es el tipo del IVA: es cómo separas cada actividad.

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Médicos, enfermeros, fisioterapeutas, psicólogos, dentistas y veterinarios comparten un régimen fiscal con dos rasgos muy marcados: la exención de IVA en buena parte de su actividad asistencial y la retención de IRPF cuando facturan a clínicas, mutuas o empresas. Lo complicado es aplicar ambos bien en la misma factura.

Un mismo profesional, varias actividades

Una consulta privada no es lo mismo que una pericia judicial, un curso para colegiados o una revisión estética. A efectos fiscales, cada una puede tener un tratamiento distinto aunque las preste la misma persona con el mismo título.

Por eso conviene ordenar la actividad en bloques antes de facturar:

  • Asistencia sanitaria: consulta, tratamiento y seguimiento de pacientes.
  • Servicios complementarios: informes, peritajes, docencia y formación.
  • Actividad no sanitaria: estética, bienestar o venta de productos.

Aviso: la exención de IVA cubre la asistencia sanitaria en los términos de la normativa vigente, no cualquier servicio que haga un sanitario. Un informe pericial o un tratamiento estético pueden quedar fuera. Revísalo antes de aplicar la exención por defecto.

IVA: exención sanitaria y sus límites

La asistencia sanitaria exenta no lleva IVA en la factura, pero tampoco permite deducir el IVA soportado en los gastos afectos a esa actividad. Ese es el punto que muchos descubren tarde: comprar material con IVA no siempre se traduce en deducción.

Si combinas actividad exenta con actividad sujeta, necesitas un criterio de reparto para el IVA soportado. Lo más limpio es separar cuentas y registrar cada gasto en su bloque, con una regla escrita para los gastos compartidos.

  • Marca en cada factura si el servicio está exento o sujeto.
  • No mezcles en una sola línea asistencia exenta y formación sujeta.
  • Aplica prorrata solo cuando no puedas imputar el gasto directamente.

IRPF: retenciones y control de ingresos

Cuando facturas a una clínica, mutua o empresa, la factura suele llevar retención de IRPF. Esa retención es un pago a cuenta y se descuenta en la declaración anual, así que no conviene tratarla como un gasto: es dinero tuyo adelantado.

El error más habitual es no repercutirla en el precio acordado. Si pactas un importe cerrado con la clínica y luego aplicas retención, cobras menos de lo previsto. Aclara siempre si el precio es con retención incluida o no.

  • Guarda el certificado anual de retenciones de cada pagador.
  • Cuadra trimestralmente las retenciones soportadas con tus ingresos.
  • Si trabajas con varias clínicas, separa series de facturación por cliente.

Guardias, urgencias y disponibilidad

Las guardias se facturan como parte del servicio asistencial, pero suelen tener un componente de disponibilidad que no siempre se documenta bien. Describe en la factura el concepto: número de guardias, fechas y centro. Un concepto genérico complica la justificación si hay una revisión.

Si cobras pluses por desplazamiento o manutención, trátalos como parte del servicio o como suplido, según el caso, y no los mezcles con la retribución ordinaria sin explicación.

Material clínico y mutualidades

El material sanitario es un gasto relevante y muy fácil de deducir si tienes factura a tu nombre: guantes, instrumental, desinfección, equipos de diagnóstico, software de historia clínica o seguros de responsabilidad civil.

En cuanto a la cobertura social, algunos sanitarios pueden optar por una mutualidad en lugar del régimen general de autónomos, siempre que cumplan los requisitos y según la normativa vigente. Es una decisión con efectos a largo plazo en la jubilación, así que no la tomes solo por la cuota mensual.

  • Compara coberturas y base de cotización, no solo el recibo.
  • Revisa el impacto en la pensión futura antes de cambiar.
  • Consulta el criterio con tu asesor antes de mover la cobertura.

Consejo: antepone una ficha por cliente con su régimen de IVA y de retención. Al emitir la factura no improvisas: lees la ficha y aplicas lo que corresponde. Es el mejor seguro contra rectificativas.

Preguntas frecuentes

¿Todas mis facturas como sanitario van sin IVA?

No. La asistencia sanitaria puede estar exenta, pero informes, peritajes, docencia o servicios estéticos suelen estar sujetos. Revisa cada concepto antes de emitir.

¿Puedo deducir el IVA del material clínico?

Solo en la parte vinculada a actividad sujeta. Si toda tu actividad está exenta, el IVA soportado no es deducible. Lleva un control separado por tipo de actividad.

¿Merece la pena la mutualidad en lugar del RETA?

Depende de tu especialidad, ingresos y horizonte de jubilación. Compara coberturas y base de cotización con calma. No es una decisión que convenga tomar solo por precio.

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Última actualización: 13 de septiembre, 2026

Consulta la normativa vigente y tu situación concreta antes de tomar decisiones.